（一）目前办理客运的。
（1）南京站。不多赘述。
（2）南京南站。不多赘述。
（3）仙林站。位于仙林大学城，其初衷是方便高校学子前往市区（南京站）。但截至2022第四季度调图，仙林站仅停靠1趟动车。从该站上车无法前往市区（但可以从南京站坐到该站）。所在铁路线为沪宁城际。
公交：322、323、324路学林路站，距该站1.7公里。323路金港科创园站，距该站0.7公里。
地铁：现有7号线仙新路站距该站3公里。规划8号线和s3号线东延设有地铁仙林站。
（4）江宁站。位于江宁大学城。每日有若干趟列车前往市区（南京南站）和溧水方向。所在线路为宁杭高铁。
公交：768、806、809、826、829、831、句容236路设有宁杭高铁江宁站。
地铁：现有1号线南医大·江苏经贸学院站距该站1.4公里。
（5）溧水站。位于溧水郊区。每日列车若干。所在线路为宁杭高铁，是江宁站的上行站。
公交：溧水1路、游2路设有宁杭高铁溧水站。
地铁：暂无。但乘坐溧水1路至汽车客运站可达S7号线溧水站。
（6）江宁西站。位于南京远郊，江宁滨江地区的江宁街道，极大方便了此处居民前往市区，但车次较少。所在线路为宁安高铁，可在此站上车前往马鞍山、芜湖等地。
公交：873路环线设有江宁西站，但行驶区域仅在江宁滨江城区。位于205国道的飞鹰路站有707路和867路前往市区。
地铁：在建S2号线盛安大道站距该站2.7公里。
（二）曾办理过客运，目前暂停办理，且没有通勤班车的。
（7）中华门站。位于南京老城区南部。所在线路为宁铜铁路（宁芜铁路）。因客流稀少于2014年停办客运。
公交：110、126、136、16、181、2、38、39、63、D59路中华门地铁站
地铁：现有1号线。规划8号线和S2号线北延设有中华门站。
（8）南京北站（浦口站）。位于浦南老城区，始建于1908年，于2004年停运，随后该站及所在铁路线均被废弃，现作为文物存在。
公交：G48路设有浦口码头站。637、639、664、695浦口公园站距该站1.5公里。
地铁：规划15号线设有地铁浦口火车站。
（9）六合站（六合北站）。位于六合城区，所在线路为宁启铁路，2004年停运。
公交：501、503路设有六合北站。
地铁：现有S8号线方州广场站距该站1.1公里。
（三）曾办理过客运，目前暂停办理，且有通勤列车停靠的。
（10）南京西站。位于老下关城区，所在线路为京沪铁路支线。在长江大桥建设前，是南京唯一的火车站，火车均在此站前方乘坐轮渡过江。后来用作南京始发终到列车的停靠站，后为配合附近铁路单位搬迁，于2012年停运。至今始发终到南京的既有列车仍在本站存放。并且每天有三趟职工通勤列车前往南京东站。
公交：18、53、307设有南京西站。
地铁：在建5号线设有地铁南京西站。
（四）未办理过客运，但有通勤列车停靠的。
（11）南京东站。位于尧化门，是存放客货车底的编组站，有若干铁路单位在此。每天有三趟由西站始发的通勤列车停靠。
公交：175、177太龙路东站。
地铁：现有7号线尧化门站距该站0.7公里。
（五）建成未启用的。
（12）紫金山东站。位于马群板块。所在线路为沪宁城际与南京南站的连接线（仙宁线）。未启用原因是站台在正线上，在该站停靠会造成列车积压。
公交：138、147、323路金马路地铁站。
地铁：现有2号线和4号线金马路站。
（13）江浦站。位于桥林和江浦城区之间的农村地区。未启用原因不明。
公交：距407、G42路梁小北站0.8公里。
地铁：暂无。
（六）已有明确规划的。
（14）新南京北站。位于花旗营，所在线路为在建北沿江高铁和宁淮高铁。
公交：不明，有可能把目前林场公交场站的公交全部延伸。
地铁：规划3号线西延，4号线西延，15号线，18号线，S4号线设有地铁南京北站。
（15）六合西站。位于六合城郊，所在线路与南京北站相同。
公交：不明，有可能把目前方州桥公交场站的公交部分延伸。
地铁：规划14号线设有地铁六合西站。
补充：南京地铁或南京公交现在或未来可以抵达的外省市火车站
（1）句容西站。位于句容边界的郭庄镇，距句容市区较远。
公交：站外广场有句容西站专线。句容236路，南京833路的城隍庙站距该站1.3公里、
地铁：句容西站专线可直达句容汽车客运站（S6号线句容站）。
（2）句容站（在建），现有S6号线设有地铁句容站。
（3）滁州站，在建S4号线（滁宁城际）北段二期设有地铁滁州高铁站。
（4) 扬州站，在建S5号线设有地铁扬州西站。
（5）马鞍山东站，在建S2号线湖北路、湖南路站距该站2.5公里。
（6）当涂东站，在建S2号线设有地铁当涂东站。